prueba la inocencia de una mujer que ha pasado 20 años en la cárcel.
4 años después de las alegaciones de la comunidad científica, inicialmente rechazadas, ayer 5 de junio se ha hecho justicia. Aquí están las explicaciones médicas
https://theconversation.com/kathleen-folbiggs-children-likely-died-of-natural-causes-not-murder-heres-the-evidence-my-team-found-156487
El genoma completo de 47 humanos a un nivel de precisión inédito
artículo de ayer 10 de mayo
Me han hecho notar que con un coautor que es ingeniero informático de la Eina, Santiago Marco Sola
Este es el artículo publicado el mes pasado del que hablaremos estos días en clase.
A partir de pequeñas muestras algunos científicos de Stanford han extraído mRNA de estas dos vacunas y lo han publicado en github. El de Pfeizer ya se conocía pero el de Moderna no estaba publicado.
Artículo interesante por la aplicación de las técnicas que vamos viendo en clase y por las conclusiones alcanzadas
Hidden genomic diversity of SARS-CoV-2: implications for qRT-PCR diagnostics and transmission
(Sapoval et al. 2021)
Podéis encontrar aquí un artículo muy reciente que reconstruye la filogenética del COBID-19, y a partir de ella su dinámica, especialmente en España.
En la práctica 5 no es necesario que tengáis en cuenta el origen geográfico de las secuencias pero siempre le podéis echar un vistazo a este artículo y compararlo con vuestro árbol a ver si os sugiere algo. Ya veis que está ya muy establecido que existen tres subarboles principales que son G, V y S. Podéis ver si por ejemplo identificáis estos tres subarboles en vuestros resultados.
En concreto podéis usar esta información si os han tocado los genes ORF3a u ORF8, o bien si hacéis la filogenia con las secuencias completas (información sacada de 1 y 2):
– El subárbol S se caracteriza por una mutación de ORF8, 28144T>C (en la posición 28144 aparece C en lugar de T, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Norteamérica.
– El subárbol V se caracteriza por una mutación de ORF3a, 26144G>T (en la posición 26144 aparece T en lugar de G, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Asia y Europa.
– El subárbol G se caracteriza por una mutación de proteína S (posiciones 21563..25384) 23403A>G (en la posición 23403 aparece A en lugar de G, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Europa.
Notad que la información sobre el origen geográfico puede estar obsoleta en poco tiempo.
A día de hoy hay algún estudio preliminar que apunta a que el subárbol G es más patógeno que la media y el subárbol S menos (nótese que la notación deja mucho que desear, el subárbol G está basado en una mutación de la proteína S).
[…] They will discuss how innovative design algorithms and a close partnership with a critical component supplier, LGC, Biosearch Technologies, enabled assay design and verification in seven days, making the COVID-19 test available for market.
Si os interesa podéis registraros aquí, para verlo en directo el lunes 23 de marzo a las 18h (1pm ET) o bien verlo después en diferido.
El caso del SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2)
Podéis seguir la evolución del número de casos en https://www.ecdc.europa.eu/en/geographical-distribution-2019-ncov-cases
Y este es un buen resumen sobre la información conocida (a 13 de febrero) sobre el genoma del virus y cómo influye esa información en la infectividad de vacunas conocidas
Pavel Pevzner is the recipient of the ACM Paris Kanellakis Theory and Practice Award for pioneering contributions to the theory, design and implementation of algorithms for string reconstruction and to their applications in the assembly of genomes.