Filodinámica del COVID-19 en España

Podéis encontrar aquí un artículo muy reciente que reconstruye la filogenética del COBID-19, y a partir de ella su dinámica, especialmente en España.

En la práctica 5 no es necesario que tengáis en cuenta el origen geográfico de las secuencias pero siempre le podéis echar un vistazo  a este artículo y compararlo con vuestro árbol a ver si os sugiere algo. Ya veis que está ya muy establecido que existen tres subarboles principales que son G, V y S. Podéis ver si por ejemplo identificáis estos tres subarboles en vuestros resultados.

En concreto podéis usar esta información si os han tocado los genes ORF3a u ORF8, o bien si hacéis la filogenia con las secuencias completas (información sacada de 1 y 2):

– El subárbol S se caracteriza por una mutación de ORF8, 28144T>C (en la posición 28144 aparece C en lugar de T, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Norteamérica.

– El subárbol V se caracteriza por una mutación de ORF3a, 26144G>T (en la posición 26144 aparece T en lugar de G, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Asia y Europa.

– El subárbol G se caracteriza por una mutación de proteína S (posiciones 21563..25384) 23403A>G (en la posición 23403 aparece A en lugar de G, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Europa.

Notad que la información sobre el origen geográfico puede estar obsoleta en poco tiempo.

A día de hoy hay algún estudio preliminar que apunta a que el subárbol G es más patógeno que la media y el subárbol S menos (nótese que la notación deja mucho que desear, el subárbol G está basado en una mutación de la proteína S).

 

 

 

 

Webminar sobre el desarrollo de tests para covid-19

[…] They will discuss how innovative design algorithms and a close partnership with a critical component supplier, LGC, Biosearch Technologies, enabled assay design and verification in seven days, making the COVID-19 test available for market.

Si os interesa podéis registraros aquí, para verlo en directo el lunes 23 de marzo a las 18h (1pm ET) o bien verlo después en diferido.

¿Qué dice GenBank sobre el coronavirus de Wuhan?

El caso del SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2)

Podéis seguir la evolución del número de casos en https://www.ecdc.europa.eu/en/geographical-distribution-2019-ncov-cases

Y este es un buen resumen sobre la información conocida (a 13 de febrero) sobre el genoma del virus y cómo influye esa información en la infectividad de vacunas conocidas

Virus modificados genéticamente contra bacteria resistente

Genetically Modified Viruses Help Save A Patient With A ‘Superbug’ Infection: una adolescente británica recibió un trasplante de pulmón y durante su recuperación una infección crónica preexistente se extendió por su organismo. Resulta que esta bacteria era resistente a antibióticos, así que optaron por utilizar virus modificados genéticamente para atacar la infección. Aunque todavía no está totalmente recuperada, el tratamiento está funcionando (por ahora).

Enviado por Fran Merino

Genética Forense

Sobre la posible identificación de Jack el destripador, el artículo en Journal of Forensic Sciences (link visible en la unizar, doi: 10.1111/1556-4029.14038) y las varias “pegas” de los expertos en Science (12 y 15/03/19) Siempre me parece extraño que en genética forense no se publiquen las secuencias, y no dejo de acordarme que en el caso de los Romanov (los nueve primeros cuerpos) sí se utilizó mitocondrial para identificaciones positivas …

¿Embriones editados con CRISPR/Cas9?

Este artículo de ayer trata seriamente el tema de la edición de DNA en embriones humanos, dos de ellos ya nacidos, para evitar el virus HIV. El investigador He Jiankui ha dirigido esta polémica investigación, todavía no aceptada por la comunidad cíentífica.

El investigador declara que la edición de DNA ha producido mosaicismo (algunas copias de DNA son editadas y otras no) y al menos un off-target (edición no deseada). También dice que esa edición parcial da lugar a incertidumbre en la prevención de HIV (que era el objetivo principal del experimento).