A partir de pequeñas muestras algunos científicos de Stanford han extraído mRNA de estas dos vacunas y lo han publicado en github. El de Pfeizer ya se conocía pero el de Moderna no estaba publicado.
El próximo jueves 18, charla profesional
El próximo jueves 18 de marzo a las 13h en https://meet.google.com/
Jorge Álvarez se graduó en Ingeniería Informática en la EINA (entonces CPS) en 2010 y fue máster en 2011, obteniendo su doctorado en el DIIS en 2017. Ha sido postdoc en la universidad de Cardiff (UK) y desde 2019 es Bioinformático en el prestigioso consorcio EMBL-EBI que provee de servicios bioinformáticos a 20 países europeos.
Nuevo artículo sobre diversidad de SARS-CoV-2
Artículo interesante por la aplicación de las técnicas que vamos viendo en clase y por las conclusiones alcanzadas
Hidden genomic diversity of SARS-CoV-2: implications for qRT-PCR diagnostics and transmission
(Sapoval et al. 2021)
En funcionamiento
Le doy una oportunidad más al wordpress, pero la información de la asignatura estará también en moodle
Nuevo curso
¡Bienvenidos! Empezamos las clases el miércoles 10 de febrero
Si estás matriculado en la asignatura tienes acceso al moodle de la asignatura, donde estará el calendario de google de la asignatura
Si vas a matricularte pero aún no lo has hecho envíame un e-mail y te mandaré la contraseña de automatriculación de moodle
Presentaciones 7 de mayo
1- Biología estructural: AlphaFold. Alberto García y Jorge Generelo
2- Virología, SARS y diseño de vacunas. Yasmina Albero
3- Secuenciadores personales. Rubén Jarne
4- Sistemas de clasificación de secuencias basados en k-mers. Ignacio Bitrián
Presentaciones 6 de mayo
1- Epigenetica y envejecimiento. Francisco Ferraz e Ignacio Galve
2- Expresión génica y teoría de juegos. Miguel Escribano
3- Expresión y regulación génica. Santiago Buey y Guillermo Cruz
4- Generación sintética de ADN y virus. Sergio Herrero y Guillermo Pérez
Presentaciones 30 de abril
1- Edición del genoma humano. David Solanas y Jorge Terreu
2- Uso de redes neuronales en edición genética. Daniel Fraile y Noel Carreras
3- Biopsia líquida. Jaime Meléndez y Mario Tapia
4- Biopsia liquida y epigenética. Víctor M. Lafuente, Alonso Muñoz y José M. Romero
Filodinámica del COVID-19 en España
Podéis encontrar aquí un artículo muy reciente que reconstruye la filogenética del COBID-19, y a partir de ella su dinámica, especialmente en España.
En la práctica 5 no es necesario que tengáis en cuenta el origen geográfico de las secuencias pero siempre le podéis echar un vistazo a este artículo y compararlo con vuestro árbol a ver si os sugiere algo. Ya veis que está ya muy establecido que existen tres subarboles principales que son G, V y S. Podéis ver si por ejemplo identificáis estos tres subarboles en vuestros resultados.
En concreto podéis usar esta información si os han tocado los genes ORF3a u ORF8, o bien si hacéis la filogenia con las secuencias completas (información sacada de 1 y 2):
– El subárbol S se caracteriza por una mutación de ORF8, 28144T>C (en la posición 28144 aparece C en lugar de T, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Norteamérica.
– El subárbol V se caracteriza por una mutación de ORF3a, 26144G>T (en la posición 26144 aparece T en lugar de G, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Asia y Europa.
– El subárbol G se caracteriza por una mutación de proteína S (posiciones 21563..25384) 23403A>G (en la posición 23403 aparece A en lugar de G, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Europa.
Notad que la información sobre el origen geográfico puede estar obsoleta en poco tiempo.
A día de hoy hay algún estudio preliminar que apunta a que el subárbol G es más patógeno que la media y el subárbol S menos (nótese que la notación deja mucho que desear, el subárbol G está basado en una mutación de la proteína S).
Filogenia del SARS-CoV-2
Aquí tenéis una nueva filogenia del SARS2.
Puede ser útil para tener una idea de la práctica 5 pero es bastante más de lo que se espera que hagáis por dos razones, la primera porque esto no es un árbol filogenético sino una red filogenética y la segunda porque los datos están coloreados por origen geográfico y esto en principio no lo tenéis que hacer.