El próximo jueves 18, charla profesional

El próximo jueves 18 de marzo a las 13h en https://meet.google.com/cvr-nxjm-tmt y dentro de la asignatura de Bioinformática, Jorge Álvarez Jarreta, exalumno de Ingeniería Informática, hablará de su experiencia profesional en Bioinformática en EBI (European Bioinformatics Institute).
Jorge Álvarez se graduó en Ingeniería Informática en la EINA (entonces CPS) en 2010 y fue máster en 2011, obteniendo su doctorado en el DIIS en 2017. Ha sido postdoc en la universidad de Cardiff (UK) y desde 2019 es Bioinformático en el prestigioso consorcio EMBL-EBI que provee de servicios bioinformáticos a 20 países europeos.

Nuevo curso

¡Bienvenidos! Empezamos las clases el miércoles 10 de febrero

Si estás matriculado en la asignatura tienes acceso al moodle de la asignatura, donde estará el calendario de google de la asignatura

Si vas a matricularte pero aún no lo has hecho envíame un e-mail y te mandaré la contraseña de automatriculación de moodle

Filodinámica del COVID-19 en España

Podéis encontrar aquí un artículo muy reciente que reconstruye la filogenética del COBID-19, y a partir de ella su dinámica, especialmente en España.

En la práctica 5 no es necesario que tengáis en cuenta el origen geográfico de las secuencias pero siempre le podéis echar un vistazo  a este artículo y compararlo con vuestro árbol a ver si os sugiere algo. Ya veis que está ya muy establecido que existen tres subarboles principales que son G, V y S. Podéis ver si por ejemplo identificáis estos tres subarboles en vuestros resultados.

En concreto podéis usar esta información si os han tocado los genes ORF3a u ORF8, o bien si hacéis la filogenia con las secuencias completas (información sacada de 1 y 2):

– El subárbol S se caracteriza por una mutación de ORF8, 28144T>C (en la posición 28144 aparece C en lugar de T, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Norteamérica.

– El subárbol V se caracteriza por una mutación de ORF3a, 26144G>T (en la posición 26144 aparece T en lugar de G, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Asia y Europa.

– El subárbol G se caracteriza por una mutación de proteína S (posiciones 21563..25384) 23403A>G (en la posición 23403 aparece A en lugar de G, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Europa.

Notad que la información sobre el origen geográfico puede estar obsoleta en poco tiempo.

A día de hoy hay algún estudio preliminar que apunta a que el subárbol G es más patógeno que la media y el subárbol S menos (nótese que la notación deja mucho que desear, el subárbol G está basado en una mutación de la proteína S).

 

 

 

 

Filogenia del SARS-CoV-2

Aquí tenéis una nueva filogenia del SARS2.

Puede ser útil para tener una idea de la práctica 5 pero es bastante más de lo que se espera que hagáis por dos razones, la primera porque esto no es un árbol filogenético sino una red filogenética y la segunda porque los datos están coloreados por origen geográfico y esto en principio no lo tenéis que hacer.