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Tiling matrix transposition

Autores: Juan Segarra Flor
Fecha de creación: 16 de enero de 2020
Repositorio: Tiling matrix transposition
Descripción: Código para medir el tiempo requerido por una transposición de matriz en mosaico in situ.

bvSFM (bit-vector sampled FM-index): a tool for sequence alignment

Autores: José Manuel Herruzo, Jesús Alastruey Benedé, Pablo Ibáñez Marín
Fecha de creación: 20 de mayo de 2019
Repositorio: bvSFM: a tool for sequence alignment
Descripción: bvSFM (bit-vector sampled FM-index) es una herramienta para alinear secuencias genómicas. Implementa un algoritmo de búsqueda exacta que cuenta el número de coincidencias de una secuencia de longitud arbitraria en un genoma de referencia. bvSFM indexa un genoma de referencia con una variante del FM-index, que se basa en la transformada de Burrows-Wheeler o BWT. FM-Index es una compacta estructura de datos que realiza de forma eficiente búsquedas de secuencias genómicas cortas (en torno a 100-200 bases) en genomas de referencia del orden de gigabytes. Para el genoma humano, su el índice ocupa alrededor de 3.2 gigabytes de RAM. bvSFM utiliza una estructura de datos optimizada que permite empaquetar en un único bloque de memoria cache todos los datos necesarios en un paso del algoritmo, lo que minimiza la demanda de ancho de banda de memoria. bvSFM logra mejores resultados cuando se ejecuta en sistemas multinúcleo que integran memoria de alto ancho de banda (high bandwidth memory, HBM), por ejemplo, un procesador Intel Xeon Phi KNL (Knights Landing).

Pipelined architecture for sparse DNNs

Autores: Adrián Alcolea, Javier Olivito, Javier Resano
Fecha de creación: 04 de Febrero de 2019
Repositorio: Pipelined architecture for sparse DNNs
Descripción: Código VHDL de un acelerador para Redes Neuronales Convolucionales que aprovecha la dispersión (gran cantidad de ceros) para trabajar con los filtros comprimidos y evitar realizar operaciones con un cero en al menos uno de los operandos.

Tertimuss

Autores: Gaddiel Desirena López, Lorena Rubio Anguiano, Antonio Ramírez Treviño, José Luis Briz
Fecha de creación: 22 de octubre de 2018
Página web: Thermal-aware Energy-efficient Real TIme MUltiprocessor Scheduling Simulator
Descripción: Tertimuss (Thermal-aware Energy-efficient Real TIme MUltiprocessor Scheduling Simulator) es un entorno de simulación que permite diseñar y evaluar algoritmos de planificación sujetos a restricciones de tiempo real y térmicas. Se compone de cuatro módulos. El primero permite definir el sistema (procesadores, tareas) y sus parámetros. El segundo genera automáticamente un modelo TCPN y las ecuaciones de estado correspondientes. El tercero permite seleccionar, modificar o añadir y parametrizar el algoritmo de planificación. El cuarto módulo permite realizar simulaciones y procesar y representar resultados. El entorno permite definir los parámetros de las tareas de forma manual o de forma automática (mediante el algoritmo UUnifast integrado).


Última actualización el Jueves, 16 de Enero de 2020 11:33