Programa Oficial de Postgrado en Ingeniería Informática / Máster en Ingeniería de Sistemas e Informática

62630 Algoritmia y Complejidad para Bioinformática

 

Profesora Elvira Mayordomo

 

En este curso se introducen los contenidos básicos de Complejidad Computacional y Algoritmia. Estos contenidos se aplicarán a la Bioinformática, es decir, a la solución de problemas de Biología Molecular, principalmente centrados en el análisis de secuencias biológicas (ADN, ARN)

A petición de los alumnos matriculados, este curso puede impartirse en inglés.

 

·  Temario

·  Bibliografía

·  Evaluación

 

Temario

1.      Introducción a la teoría de algoritmos I: NP-completos

2.      Introducción a la teoría de algoritmos II: problemas de optimización y algoritmos de aproximación

3.      Biología Computacional: motivación y metodología

4.      Métodos de alineamiento secuencial y problemas relacionados

  1. Secuenciación de ADN

Bibliografía

  • J.L. Balcázar, J. Díaz, J. Gabarró: Structural Complexity I. Springer-Verlag, 1998
  • C. H. Papadimitriou: Computational Complexity. Addison Wesley, 1994
  • H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz: Algorithmic Aspects of Bioinformatics. Springer-Verlag, 2007
  • P.P. Pevzner: Computational Molecular Biology. MIT press 2000

Evaluación

Lectura y presentación de artículo de investigación

 

Graduate Course 62630

Algorithms and Complexity for Bioinformatics 

 

By Elvira Mayordomo

 

In this course basic concepts in Algorithmics and Computational Complexity are introduced. These concepts will be applied to Bioinformatics, that is, to the solution of Molecular Biology problems, mainly centered in biological sequence analysis (DNA, RNA)

On request this course can be taught in English.

 

 

·  Contents

·  Refererences

·  Requirements

 

 

Contents

1.      Introduction to the theory of algorithms I: NP-complete

2.      Introduction to the theory of algorithms II: optimization problems and approximation algorithms

3.      Computational Biology: motivation and methodology

4.      Sequential alignment methods and related problems

  1. DNA sequencing

 

References

  • J.L. Balcázar, J. Díaz, J. Gabarró: Structural Complexity I. Springer-Verlag, 1998
  • C. H. Papadimitriou: Computational Complexity. Addison Wesley, 1994
  • H.-J. Böckenhauer, D. Bongartz: Algorithmic Aspects of Bioinformatics. Springer-Verlag, 2007
  • P.P. Pevzner: Computational Molecular Biology. MIT press 2000

Requirements

Each student will read and present in class a research paper