1- Epigenetica y envejecimiento. Francisco Ferraz e Ignacio Galve
2- Expresión génica y teoría de juegos. Miguel Escribano
3- Expresión y regulación génica. Santiago Buey y Guillermo Cruz
4- Generación sintética de ADN y virus. Sergio Herrero y Guillermo Pérez
1- Edición del genoma humano. David Solanas y Jorge Terreu
2- Uso de redes neuronales en edición genética. Daniel Fraile y Noel Carreras
3- Biopsia líquida. Jaime Meléndez y Mario Tapia
4- Biopsia liquida y epigenética. Víctor M. Lafuente, Alonso Muñoz y José M. Romero
Podéis encontrar aquí un artículo muy reciente que reconstruye la filogenética del COBID-19, y a partir de ella su dinámica, especialmente en España.
En la práctica 5 no es necesario que tengáis en cuenta el origen geográfico de las secuencias pero siempre le podéis echar un vistazo a este artículo y compararlo con vuestro árbol a ver si os sugiere algo. Ya veis que está ya muy establecido que existen tres subarboles principales que son G, V y S. Podéis ver si por ejemplo identificáis estos tres subarboles en vuestros resultados.
En concreto podéis usar esta información si os han tocado los genes ORF3a u ORF8, o bien si hacéis la filogenia con las secuencias completas (información sacada de 1 y 2):
– El subárbol S se caracteriza por una mutación de ORF8, 28144T>C (en la posición 28144 aparece C en lugar de T, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Norteamérica.
– El subárbol V se caracteriza por una mutación de ORF3a, 26144G>T (en la posición 26144 aparece T en lugar de G, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Asia y Europa.
– El subárbol G se caracteriza por una mutación de proteína S (posiciones 21563..25384) 23403A>G (en la posición 23403 aparece A en lugar de G, número de posición siempre según la secuencia de referencia) y principalmente son secuencias de Europa.
Notad que la información sobre el origen geográfico puede estar obsoleta en poco tiempo.
A día de hoy hay algún estudio preliminar que apunta a que el subárbol G es más patógeno que la media y el subárbol S menos (nótese que la notación deja mucho que desear, el subárbol G está basado en una mutación de la proteína S).
Aquí tenéis una nueva filogenia del SARS2.
Puede ser útil para tener una idea de la práctica 5 pero es bastante más de lo que se espera que hagáis por dos razones, la primera porque esto no es un árbol filogenético sino una red filogenética y la segunda porque los datos están coloreados por origen geográfico y esto en principio no lo tenéis que hacer.
Habréis notado que al descargaros las secuencias existentes de COVID-19 aparecen algunas letras distintas de las 4 bases habituales, por ejemplo la N. La N es cualquier base (es decir, no es un gap pero no se sabe cuál
es). Tenéis la notación completa en
https://en.wikipedia.org/wiki/
Lo normal para el índice de conservación es contar sólo las 4 bases normales, pero cualquier interpretación coherente con
ese significado IUPAC es válida
[…] They will discuss how innovative design algorithms and a close partnership with a critical component supplier, LGC, Biosearch Technologies, enabled assay design and verification in seven days, making the COVID-19 test available for market.
Si os interesa podéis registraros aquí, para verlo en directo el lunes 23 de marzo a las 18h (1pm ET) o bien verlo después en diferido.
Nextstrain publica regularmente datos actualizados de la filogenia y mapa del covid-19
Según se recoge en este artículo de divulgación:
https://www.agenciasinc.es/Noticias/La-genetica-traza-el-mapa-de-la-dispersion-mundial-del-virus
Los genetistas y biólogos computacionales tratan de dibujar el árbol genealógico de las mutaciones del SARS-CoV-2 a medida que se dispersa. El análisis de más de 500 genomas de los cinco continentes no muestra cambios en su virulencia por ahora, ni la aparición de linajes distintos.
[…] fue una mala interpretación de los datos lo que condujo a investigadores chinos a publicar el 3 de marzo un trabajo que concluía que circulaban ya dos variantes del SARS-CoV-2, de las que una era más virulenta
Por favor confirmadme todos que recibís mis mensajes a través de moodle
Os recuerdo que hoy viernes 13 de marzo es el último día para seleccionar tema para el trabajo de asignatura. Debéis enviarme un mail con el tema elegido al que yo contestaré dando indicaciones.
Estamos a la espera de recibir indicaciones del rectorado de la universidad de Zaragoza para saber si podemos mantener clases y prácticas de forma no presencial. De momento:
Las presentaciones de forma remota se realizarán mediante videoconferencia (si esto no fuera posible se os pediría que grabarais un vídeo). La fecha de 2. y 3. puede modificarse si así nos lo indica el rectorado de la universidad de Zaragoza. Se espera que durante el día de hoy viernes 13 de marzo se podrá concretar este aspecto.
Os recuerdo que debéis elegir tema de trabajo durante esta semana. El tema de edición de ADN está bastante solicitado, mejor pensad en otra cosa.